「それじゃ、夏休み限定の探偵事務所を開くことにしよう。今日からよろしく、コナン君」
暑い夏、ボクは、彼女と事件に行き合った―――。
夏休みの朝、高校2年の野田耕史(のだこうじ)は同級生の葛西稔梨(かさいみのり)が、浜辺で自殺したことを刑事である叔父から知らされる。
あんなに真面目そうな子が、自ら命を絶つなんて―――。
その日の夜、街で偶然に出会った同じクラスの湯舟敏羽(ゆふねとわ)に、葛西稔梨の自殺の件を伝えると、なぜか一緒に事件を探る羽目に。
敏羽は、稔梨と中学からの親友で、高校に入学頃から距離をおかれて悩んでいたという。
そして、二人の探偵活動は、新たな事件を引き起こし……。